O Titanium permite que você use uma visualização personalizada para a barra de navegação de uma janela por meio da propriedade titleControl . Ao adicionar botões de navegação a esta janela, você esperaria fazer algo como:
window.setRightNavButton(myBtn);
mas você estaria errado se tiver um titleControl personalizado. Em vez disso, você deve posicionar manualmente e adicionar botões ao próprio titleControl:
myTitleControl.add(myBtn);
Demorei um pouco para perceber, pois não é muito bem documentado pelo Titanium. Espero que você economize algum tempo!