Uma história familiar: o diretório de uploads foi adicionado ao repositório Git e, com o tempo, o cliente fez uma série de edições que removeu alguns desses arquivos que estavam sendo rastreados pelo Git.
Como você pode removê-los todos rapidamente para que possa confirmar esta alteração?
Você não pode excluir a pasta inteira, há arquivos que precisam ser mantidos. Você poderia usar git rm, mas seria demorado repetir para cada arquivo.
Dê a este comando um giro, que irá preparar todos os arquivos excluídos prontos para confirmação:
git ls-files --deleted | xargs git rmDe nada.