O código original:
<iframe width="640" height="360" src="//www.youtube.com/embed/GfX0753bUEE?rel=0" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>
O código com “a mágica”:
<iframe width="640" height="360" src="//www.youtube.com/embed/GfX0753bUEE?wmode=transparent" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>
Você deve alterar ? Rel = 0 para ? Wmode = transparent , somente isso!