jsfiddle está trabalhando em um sistema de diferenças realmente incrível, mas até que ele seja lançado você pode usar esta ferramenta rápida que criei aqui: http://jsfiddlediff.stilliardapps.co.uk/
E aqui está um bookmarklet javascript que uso quando estou em uma página jsfiddle para compará-la com sua revisão anterior:
javascript:(function(e,a,g,h,f,c,b,d){if(!(f=e.jQuery)||g>f.fn.jquery||h(f)){c=a.createElement("script");c.type="text/javascript";c.src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/"+g+"/jquery.min.js";c.onload=c.onreadystatechange=function(){if(!b&&(!(d=this.readyState)||d=="loaded"||d=="complete")){h((f=e.jQuery).noConflict(1),b=1);f(c).remove()}};a.documentElement.childNodes[0].appendChild(c)}})(window,document,"1.9.0",function($,L){if (location.href.match(/jsfiddle.net/) !== null) { var url2 = location.href.replace('http://jsfiddle.net', ''), url1 = url2.replace(//(d+)/$/, function (match, revNum) { return '/' + (revNum-1) + '/'; }); location.href = 'http://jsfiddlediff.stilliardapps.co.uk/diff?url1='+ url1 +'&url2='+ url2;} else { alert('Your not on jsfiddle...');}});