Se você tem algo assim:
div:after {
content: '';
position: absolute;
top: 0;
height: 0;
width: 15px;
height: 15px;
background-color: gray;
}
div.active:after {
background-color: orange;
}
E você deseja alterar o estado deste div com JavasScript adicionando classe ativa , você deve saber que o IE não redesenha pseudo-elementos se seu conteúdo não mudar , então lembre-se de alterar o conteúdo quando o estado mudar:
div.active:after {
content: ' ';
background-color: orange;
}