Enviando um arquivo:
scp /path/to/my/file remoteuser@remotehost:/paste/here/Enviando uma pasta:
scp -r /path/to/my/folder remoteuser@remotehost:/paste/here/Usando EC2? Sem problemas:
scp -i /path/to/my/key.pem -r /path/to/my/folder remoteuser@remotehost:/paste/here/