Defina a altura e largura do contêiner externo de acordo com a altura e largura da janela.
Defina o posicionamento absoluto do contêiner interno de acordo com a altura e a largura do contêiner externo.
$(window).resize(function(){
$('.container').css({
height: $(window).height(),
width: $(window).width()
});
$('.centered-container').css({
position: 'absolute',
left: ($(window).width() - $('.centered-container').outerWidth())/2,
top: ($(window).height() - $('.centered-container').outerHeight())/2
});
});
$(window).resize();
Coloque o script dentro do redimensionamento da janela para que sempre que o usuário redimensionar a janela, o contêiner permaneça centralizado.
A janela de chamada é redimensionada ao carregar para centralização inicial.