Se você estiver usando a estrutura Hibernate ORM e tiver seu projeto configurado com o Maven, você deve examinar o hibernate3-maven-plugin.
Se você executar a meta
mvn hibernate3:hbm2ddl
Serão necessárias instruções DDL para criar o esquema de banco de dados mapeado para você. Ele funciona para arquivos hbm e também para anotações, embora para as últimas você tenha que especificar uma opção de configuração.
Mais informações:
http://mojo.codehaus.org/maven-hibernate3/hibernate3-maven-plugin/hbm2ddl-mojo.html