Primeiro, diga ao Vim qual extensão de arquivo você deseja definir como o tipo de arquivo markdown
autocmd BufRead,BufNewFile {*.markdown,*.mdown,*.mkdn,*.md,*.mkd,*.mdwn,*.mdtxt,*.mdtext,*.text} set filetype=markdown
** Lista de extensão de arquivo Markdown popular de Superuser.com
Então, desative a sintaxe para markdown
autocmd FileType markdown setlocal syntax=off spell
** spell
é opcional se você deseja ativar o corretor ortográfico.
Aqui está um resultado: