Se você está seguindo versionamento semântico em seu Gemfile, então por que não torná-lo explícito.
Se você quer o Rails 3.2, basta dizer isso;
gem "rails", "~> 3.2.x"
Se você quiser RSpec 2 (mas não 3 ainda), basta dizer isso;
gem "rspec", "~> 2.x"
Se você quiser qualquer versão do Newrelic, não faça a versão;
gem "newrelic_rpm"
Se você precisa exatamente do Ember 1.0.0.rc7, diga isso;
gem "ember-source", "1.0.0.rc7"