Você sabia que pode verificar wikis para seu repo como um repositório git normal?
https://github.com/blog/699-making-github-more-open-git-backed-wikis
Tudo que você precisa fazer é visitar: http://github.com/user/repo/wiki/_access
git rm -r --cached doc/
git commit -m 'Removed doc folder from repo'
rm -rf doc/
git submodule add git@github.com:user/project.wiki.git doc
git commit -m 'Initialize wiki doc repository'