Em vez de tentar descobrir como jQuery + underscore + backbone + jQuery UI funcionam juntos, ou empurrar seu código jQuery para o EmberJS, dê uma olhada em YUI ( http://yuilibrary.com ).
O framework é muito bem construído, é totalmente modularizado e tem suporte para infraestrutura de aplicativos JS, bem como módulos como Autocomplete e Uploaders. Bônus: a galeria está cheia de módulos úteis bem escritos que você pode ligar e jogar.
Não é usado apenas nos sites de alto tráfego do Yahoo !, também é usado pelo Zillow.com e outros sites de grande escala que têm necessidades complexas de JS. O código é fácil de modular e todo o sistema pode ser versionado para atualizações incrementais.
jQuery pode lhe ensinar como fazer alterações em um DOM, mas YUI ajuda a escrever JavaScript limpo e torná-lo incrível. Não estou brincando, dê uma olhada.
Alguns recursos úteis adicionais:
http://jsrosettastone.com
http://yuilibrary.com/yui/docs/app/app-contributors.html