Você pode usar sass-convert para recuar o código SCSS convertendo de SCSS para SCSS.
Uso:
sass-convert -F scss -T scss --indent 4 from.scss to.scss (2 é o padrão se não for especificado)
Se você deseja recuar novamente todos os arquivos SCSS em toda a pasta:
sass-convert --in-place --indent 4 -r -F scss -T scss YOUR_SASS_FOLDER_NAME
Crédito:
http://iamhlb.com/post/48175381086/use-sass-convert-to-indent-your-sass-scss-code