Use Python para ler o arquivo por N linhas a cada vez

from itertools import islice

def next_n_lines(file_opened, N):
    return [x.strip() for x in islice(file_opened, N)]

Cada vez que next_n_lines(file_opened, N)é chamada, a função retornará as próximas N linhas de file_openeduma lista.

Exemplo:

with open("samplefile", 'r') as sample:
    lines_1_to_5 = next_n_lines(sample, 5)
    lines_6_to_10 = next_n_lines(sample, 5)