Use minúsculos repositórios git em todos os lugares

$ cd /etc/apache2
$ git init

Como os repositórios git são minúsculos, não tenha medo de usá-los liberalmente. Coloque um em seu diretório apache para fazer backup de suas mudanças de configuração, ou jogue um em seu diretório de usuário e comece a versionar .profile. É mais limpo do que ter arquivos .bak em todos os lugares, e você obtém um registro das atualizações ao longo do tempo.