Isso parece loucura, certo? Por que alguém usaria uma linguagem prolixa e inchada como Java para prototipar um aplicativo que será escrito em Javascript? O motivo pelo qual você deve considerar fazer isso é a troca a quente de código . Java pode substituir o código do seu aplicativo durante a execução – permitindo que você veja as mudanças em tempo real. Escrevi um blog sobre isso se você quiser saber mais: http://smotko.si/hotswapping/
A troca a quente é muito útil, especialmente para criar aplicativos OpenGL. E você pode criar um aplicativo Java que usa API OpenGL ES 2.0 – a mesma versão de API do WebGL.
Sim, porque o Java é digitado estaticamente e geralmente mais detalhado, você provavelmente terá que digitar mais algumas teclas, mas se estiver usando o Eclipse, que pode completar automaticamente a maior parte da digitação repetitiva, não acredito que seja um problema.
Você também não precisa criar uma estrutura hierárquica complicada com várias interfaces, classes abstratas e assim por diante. Você pode manter seu aplicativo simples.
Como um bônus adicional, será fácil para você portar seu aplicativo para o Android!