Você pode usar o comando find com a opção -exec para alterar as permissões para alguns arquivos.
Aqui estão alguns exemplos:
Usar
find . -type d -exec chmod a+rx {} ;
para adicionar permissão de leitura (lista) e acesso ao diretório atual e todos os subdiretórios,
find . -name "*.php" -exec chmod a+x {} ;
para adicionar permissão de execução a todos os arquivos php.