A maioria das ferramentas / convenções Unix pode ter seu padrão substituído por variáveis de ambiente. Abaixo, .netrc e a variável HOME:
franck@zeu ~ % HOME=.ssh/heroku-franck heroku apps
=== My Apps
...
=== Collaborated Apps
[redacted]
franck@zeu ~ % HOME=.ssh/heroku-evome heroku apps
You have no apps.
# https://gist.github.com/franckverrot/8783182
FWIW, eu armazeno meus arquivos .netrc em .ssh.
E, claro, é fácil adicionar um pouco de açúcar para evitar digitar “HOME = / thepath”, mas não me incomodo em fazer isso.