Atualmente, o twitter-bootstrap-rails ainda não está atualizado para o Bootstrap 3.
Para começar a usá-lo, adicione ao seu Gemfile
gem 'twitter-bootstrap-rails', github: 'seyhunak/twitter-bootstrap-rails', branch: 'bootstrap3'
Atualizar:
Fiquei desapontado com a gema existente porque ela não funciona e leva muito tempo para fazê-la funcionar, então decidi escrever uma para mim.
https://github.com/jasontorres/bootstrap-on-rails
Instale-o:
gem 'bootstrap-on-rails'