Às vezes é útil gerar o mesmo site com pequenas diferenças (ou seja, implantar em ambientes diferentes, servidor de teste e servidor de produção, etc).
Você pode usar um _config.yml diferente. Certifique-se de alterar a configuração de destino no novo arquivo de configuração.
usar
$ jekyll build --config _new_config.yml
e o site é gerado na pasta de destino.