Dado que você tem ImageMagick e Ruby em sua máquina, abra o terminal, cd
na pasta, abra o console Ruby com irb
e digite:
Dir['*.png'].each { |img| system "convert #{img} #{img.gsub(File.extname(img), '.jpg')}" }
Este snippet é facilmente personalizável para necessidades mais avançadas, mas quanto mais coisas você precisa fazer, mais feio fica para fazê-lo em uma linha …