Ao compilar a partir do AUR, o makepkg pode baixar novamente os arquivos já existentes. Para evitar isso, em PKGBUILD aponte a matriz de origem para o nome do arquivo existente. ie:
de:
source=('http://dlc.sun.com.edgesuite.net/netbeans/7.3.1/final/zip/netbeans-7.3.1-201306052037-php.zip'
'netbeans.desktop')
para:
source=('netbeans-7.3.1-201306052037-php.zip'
'netbeans.desktop')