Essa dica pode ser encontrada em praticamente todos os lugares na internet, mas ao sincronizar duas vezes entre o Google Mail e meu próprio servidor IMAP, recebo os mesmos e-mails continuamente. Então, eu só tive que adicionar a opção “–useheader”, com o comando completo para o imapsync sendo:
imapsync --host1 imap.gmail.com --user1 <redacted>@gmail.com --password1 <your-password> --ssl1 --host2 <your-new-imap-server> --user2 <your-username> --password2 <your-password> --ssl2 --useheader Message-ID
Dica extra: você pode simplesmente inicializar um Fedora 19 AMI no Amazon EC2 e executar este comando, especialmente se seu novo servidor IMAP estiver no próprio EC2 (e você não quiser sobrecarregar seu servidor de e-mail). O pacote imapsync está disponível nos repositórios yum padrão.