Eu realmente não gosto de tentar classificar a lista de arquivos no app / assets / javascript [ou css], então comecei a usar uma espécie de notação reversa dos templates parciais do Rails. Todos os meus arquivos de manifesto começam com um único sublinhado que simultaneamente os torna fáceis de identificar como manifestos e os coloca no topo da lista de diretórios também.
Você precisa colocar esses arquivos na lista de permissões manualmente no arquivo production.rb. Normalmente faço algo como:
config.assets.precompile += Dir.entries('app/assets/javascripts').select{|entry| entry.start_with?('_')}
config.assets.precompile += Dir.entries('app/assets/stylesheets').select{|entry| entry.start_with?('_')}