Quando git clone não pode clonar neste diretório porque não é epmty você pode usar este pequeno trecho, que irá clonar o repositório em seu próprio diretório e movê-lo então os arquivos para o diretório correto correto e depois disso o diretório será deletado
Snippet
git clone repositório-url tmp && mv tmp / .git. && rm -rf tmp && git reset –hard