Se você deseja executar um script de shell depois que uma nova versão de seu aplicativo PHP é carregada (ou enviada se você estiver usando git) para o Elastic Beanstalk, você precisa editar o seguinte arquivo em seu AMI personalizado:
/opt/elasticbeanstalk/srv/hostmanager/lib/elasticbeanstalk/hostmanager/applications/phpapplication.rb