Digamos que você precise atualizar algumas coisas no sistema Drupal, mas não deseja escrever um módulo inteiro. Você pode colocar um script na pasta raiz do Drupal para ver os benefícios do Drupal.
Por exemplo, digamos que na pasta raiz do Drupal você crie outra pasta chamada scripts.
E então dentro dos scripts você coloca um arquivo script.php assim:
define('DRUPAL_ROOT', getcwd());
require_once DRUPAL_ROOT . '/includes/bootstrap.inc';
drupal_bootstrap(DRUPAL_BOOTSTRAP_FULL);
E agora você pode adicionar qualquer coisa do Drupal de que precisar. Moduel invoca em seus módulos, db api, etc. Idealmente, você pode executá-lo através da linha de comando, mas também pode executá-lo diretamente em seu navegador da web. O que quer que funcione.