Talvez seja porque a saída padrão do MySQL (para tela ou arquivo) parecia bastante amigável para começar, que nunca pensei em fazer isso antes, mas é fácil obter a saída do MySQL como CSV (diferente de usar mysqldump com vários argumentos).
# add alias to .bashrc
alias mysql2csv='sed '''s/t/","/g;s/^/"/;s/$/"/;s/n//g''''Então use assim:
$ mysql <usual args here> -e "SELECT * FROM foo" | mysql2csv > foo.csv