renderizar parciais dentro do código Javascript

Ao renderizar parciais dentro do código Javascript, você deve usar o método escape_javascript, assim

$('#comments ul.comments').append("<%= escape_javascript render(:partial => 'comments/single', :locals => { :c => @comment }) %>");

Este método tem o alias de j, então você também pode fazer isso
$('#comments ul.comments').append("<%= j render(:partial => 'comments/foobar') %>");