Em algumas ocasiões, acabei com arquivos .pyc desatualizados ao alternar entre vários branches git. Depois da primeira vez, reconheci quando aconteceu, mas este pequeno script pós-atualização pode ajudar a garantir que você nunca tenha esse problema.
#!/bin/bash
find $(git rev-parse --show-cdup) -name "*.pyc" -delete
http://blog.daniel-watkins.co.uk/2013/01/git-tip-remove-pyc-files-automatically.html