Se você deseja excluir um branch remoto do git, pode fazê-lo usando o seguinte comando.
% git push origin :BRANCH-NAME
No entanto, se você limpar um repositório e tiver vários branches remotos que deseja remover, você pode fazer algo assim:
% git branch -r | awk -F/ '//SOME-PREFIX/{print $2}' | xargs -I {} git push origin :{}
Isso excluirá todos os branches remotos começando com SOME-PREFIX
.