Remova qualquer coisa do html

Remover tags de script ou comentários de html usando expressões regulares é uma má ideia, então é melhor usar PHP DOMDocument.

<?php
function removeDomNodes($html, $xpathString)
{
    $dom = new DOMDocument;
    $dom->loadHtml($html);

    $xpath = new DOMXPath($dom);
    while ($node = $xpath->query($xpathString)->item(0))
    {
        $node->parentNode->removeChild($node);
    }
    return $dom->saveHTML();
}

Por exemplo, para remover todos os comentários de uma string HTML, passe o xpath para comentários:

$html = removeDomNodes($html, '//comment()');

Ou para remover todas as tags de script:

$html = removeDomNodes($html, '//script');