Remova o Codeigniter index.php

Crie um arquivo htaccess com o código abaixo onde está seu index.php do aplicativo Codeigniter.

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/system.*
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.+)$ index.php?/$1 [L]