Remova arquivos não rastreados da árvore de trabalho

Dado que você modificou e não rastreou arquivos:

# On branch master
# Changes not staged for commit:
#
#   modified:   Gemfile
#
# Untracked files:
#
#   docs/
#   file1.log

Quando você executa: git clean -fd

Então você deve ter apenas os arquivos modificados:

# On branch master
# Changes not staged for commit:
#
#   modified:   Gemfile
#