Crie um arquivo .xmodmap se ainda não tiver um na pasta $ HOME.
Em seguida, basta adicionar:
remove Lock = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Control = Control_L
Para carregá-lo na inicialização, pode ser necessário adicionar:
xmodmap .xmodmap
Para o seu .xinitrc
OU
Crie um arquivo .profile se ainda não tiver um na pasta $ HOME.
Em seguida, basta adicionar:
xmodmap -e 'remove Lock = Caps_Lock'
xmodmap -e 'keysym Caps_Lock = Control_L'
xmodmap -e 'add Control = Control_L'
Saia e volte a entrar.