quando você migra para o r10k, é fácil pegar seus módulos e apenas registrá-los, mas você não quer manter seu histórico. Faça assim e você vai.
certifique-se de fazer o check-out em uma pasta separada e não use sua cópia de trabalho atual!
git clone <big ass repo url>
cd <reponame>
git remote rm origin
git filter-branch --subdirectory-filter <your target module path> -- --all
git remote add origin <new repo url>
mkdir <tempdir>
mv * <tempdir>
git add .
git commit -m "transferring"
mv <tempdir>/* .
rm -rf <tempdir>
git add .
git commit -m "transferring"
git push --set-upstream origin master