Acabei de passar um bom tempo tentando entender por que, quando eu construo um novo projeto yoeman de dentro de uma subpasta do meu diretório principal, ele sempre irá para a raiz.
Parece que a causa desse problema se deve ao Gruntfile.js . Yoeman irá procurar por Gruntfile.js no diretório em que você está e se não estiver presente, ele irá até o diretório mais alto que puder ser encontrado, que no meu caso era o root! Em seguida, ele construirá seu projeto no mesmo diretório do arquivo Gruntfile.js .
Solução simples, crie seu diretório:
mkdir newapp && cd newapp
copie o arquivo do seu diretório raiz:
sudo cp -v Gruntfile.js newapp
e então inicie:
yeoman init
Eu espero que isso ajude