Se você era como eu e por algum motivo as animações traduzidas em 3D não se sobrepunham ou se sobrepunham como pretendido, depois de alguma pesquisa, encontrei sua resposta!
Primeiro você deve definir o objeto que deseja SUBMETER para:
-webkit-transform: translate3d( x, y, -100px);
Em seguida, você define o objeto que deseja que esteja no topo para:
-webkit-transform: translate3d(x, y, 100px);
Parece tão simples, mas às vezes nos esquecemos da última variável em translate3d e como ela é importante!