Preparar todos os arquivos modificados para confirmação (mas não novos, não rastreados)

git add $(git status | awk '/modified/ { print $3 }')

Alternativamente:

git add $(git status -s | awk '/^ ?M/ { print $2 }')

Além disso, para remover o estágio de arquivos modificados:

git reset HEAD $(git status -s | awk '/^ ?M/ { print $2 }')