Se você quiser testar uma nova gema, ou apenas baixar um novo repo, e precisar instalar as gems, você pode fazer isso de dentro do emacs, basta adicionar isso ao seu init.el:
(eval-after-load 'ruby-mode
'(progn
(define-key ruby-mode-map (kbd "C-c b")
(lambda () (interactive) (async-shell-command "bundle install" "**Bundler**")))))
Depois disso, apenas pressione Cc b, e o emacs executará o bundle install na pasta atual.