Organize a configuração do CodeIgniter

Quando eu inicio um novo projeto com CodeIgniter (CI) eu começo a organizar tudo.

A configuração original é mais ou menos assim:

project/
  application/
  system/
    index.php

Eu não gosto nada disso.

Esta é a minha maneira!

project/
  application/
  system-2-1-3/
  htdocs/
    index.php

Por quê?
Se sua pasta-base for htdocs, não será mais possível que os usuários tenham acesso à sua pasta de aplicativos e sistemas.

E a renomeação é para que eu possa alternar facilmente entre as duas versões (e acompanhar a versão que estou usando no momento).

Os caminhos para sua aplicação e pasta de sistema são alterados em index.php