Se você estiver executando um aplicativo não web no github api, você pode simplesmente obter o token de autenticação para ele (se você configurou em sua conta em aplicativos, é claro) executando o seguinte comando curl.
% curl -i -u "username:password"
https://api.github.com/authorizations
-d '{"client_id":"APP_CLIENT_ID", "client_secret":"APP_CLIENT_SECRET"}'
Esteja ciente de que você terá que escapar alguns caracteres especiais sensíveis ao shell que podem estar em sua senha.