Não é bem uma dica de codificação, mas pode ser útil de qualquer maneira, já que pelo menos para mim não era muito óbvio.
Primeiro, certifique-se de ter o dconf-editor ou instale a partir de repositórios, se necessário
Em seguida, navegue para org → gnome → shell → substituições e defina o layout do botão para fechar: ou fechar, minimizar:
… o que estiver no lado esquerdo dos dois pontos ficará no canto esquerdo do título da janela, e o que estiver à direita estará no canto direito