Quando você está aplicando migrações de doutrina geradas automaticamente ao seu ambiente, ex. encenação ou produção. Lembre-se de testar bem. Porque eles estão executando sql por sql. E quando a última migração lançar PDOException, você estará em sérios apuros. Quão sério? Depende do ambiente :).
Antes de reaplicar a migração, você precisa limpar seu banco de dados pouco a pouco. removendo colunas adicionadas, descartando índices etc.
Conclusão.
1. Teste sua migração em sua estação de desenvolvimento local!
2. Sempre faça backup do banco de dados que você está migrando!
3. Novamente primeiro teste e depois confie na migração gerada!