A codificação padrão do SQL Server Management Studio é UTF-16. Se você estiver salvando um arquivo com esta codificação, algumas ferramentas ou visualizadores de diferenças “pensam” que o arquivo é binário e não farão uma comparação.
Você pode evitar isso clicando em “Salvar com codificação …” conforme mostrado abaixo. Basta clicar na seta para baixo no botão Salvar.
Agora você poderá ver diffs no GitHub (por exemplo).
Espero que isso seja útil, mas se você conhece outra forma, ou melhor, adoraria saber, obrigado!