Simples. Legível. Gravável.
Markdown é a abstração mais pura de HTML que existe. É uma linguagem direta com sua própria sintaxe, fácil de entender e usar.
Markdown foi inventado em 2004 por John Gruber , autor de Daring Fireball, com o propósito expresso de escrever para a web. Ele foi escolhido pela comunidade GitHub e ganhou destaque como a solução preferida para a produção de documentação.
Basicamente, se você precisa escrever sobre software, na web, você deve usar Markdown.
Requer um processador para gerar HTML, mas seu ponto forte é a capacidade de criar estruturas complexas com pouco esforço.
Confira as especificações do Daring Fireball
Aqui está um cheatsheet de Markdown fácil de abordar de adam-p
E para leitura adicional, aqui está o artigo sobre a versão aprimorada do GitHub da linguagem, apropriadamente chamada de GitHub Flavored Markdown