Se você HISTTIMEFORMATdefiniu em seu ~/.bashrc, então seu ~/.bash_historyarquivo terá um carimbo de data / hora unix registrado junto com cada comando, não é fácil remover entradas duplicadas dele, abaixo está um script de uma linha que pode fazer o trabalho.
cat .bash_history | sed '$!N;s/n/ /' | sort -s -k 2 | sed -n 'x; /^$/ {x;p;x;d;}; G; /(#[0-9]*) (.*)n(#[0-9]*) 2$/ !{ s/^[^n]*n(.*)$/1/; p; }; d' | sort -s | sed 's/^(#[0-9]*) /1n/' > bash_history.new