Se você acidentalmente fizer um $ git stash pop
e quiser descartar as alterações feitas por ele, mas manter todas as alterações não confirmadas, faça o seguinte:
Você deve ter o stash sha do seu comando pop:
Dropped refs/stash@{0} (415b859aacd665d2c3988c3538ac003e1f371d79)
Agora você pode fazer
$ git diff 415b859aacd665d2c3988c3538ac003e1f371d79^! | patch -p1 -R
para remover essas alterações.