Use no mesmo nível de / público
Desta forma, primeiro redireciona para o público
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain.com$ [NC,OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.domain.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !public/
RewriteRule (.*) /public/$1 [L]
E dentro / público
então, você lida com index.php
<IfModule mod_rewrite.c>
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
</IfModule>
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
</IfModule>