Escrevendo aqui, para que eu não precise procurá-lo a cada atualização do sqlite.
gem install sqlite3 -- --with-sqlite3-include=/usr/local/Cellar/sqlite/3.8.10.1/include --with-sqlite3-lib=/usr/local/Cellar/sqlite/3.8.10.1/lib
Substitua 3.8.10.1
pela versão real do sqlite.